对中枢神经系统的作用

石菖蒲有镇静作用。煎剂或挥发油均能使小鼠自发活动减少，解除单笼饲养小鼠的攻击行为；亦能延长戊巴比妥钠所致的睡眠时间，对阈下催眠剂量的戊巴比妥钠有协同作用。此外， 尚能显著延长戊巴比妥钠的麻醉时间。研究表明：挥发油中的细辛醚是镇静的有效成分，但除去挥发油后仍有镇静作用， 提示其镇静成分不只一种。

石菖蒲煎剂对戊四氮引起的小鼠惊厥有一定的对抗作用，与对照组相比， 能使自主活动减少，抽搐开始时间推迟， 抽搐鼠数较少。挥发油中的α-细辛醚140mg/kg能完全对抗小鼠电惊厥和戊四氮惊厥，并能对抗家兔侧脑室给Ach所致惊厥，除去挥发油的水煎剂亦有作用。

石菖蒲辛温行散,苦温除湿,主入心、胃二经,既能除痰利心窍,又能化湿以和中。适于痰浊闭窍及湿阻中焦等症。

石菖蒲治癫痫:九节菖蒲(去毛焙干),以木臼杵为细末,不可犯铁器,用黑豮猪心以竹刀批开,砂罐煮汤送下,每日空心服二、三钱。(《医学正传》)

石菖蒲治心胆气虚,心神不宁证,癫痫与遗精:茯苓30g,茯神30g,人参30g,远志30g,石菖蒲15g,龙齿15g。炼蜜为丸,辰砂为衣,每服2钱,开水送下。安神定志丸(《医学心悟》)

对心血管系统的作用

石菖蒲挥发油（β-细辛醚）在一定浓度下有使豚鼠冠状血管扩张的作用。临床常用于冠心病、肺心病等属于痰浊气滞之胸痹者的治疗，其机制可能与其能增加冠脉流量有关， 还可能与镇静、改善消化机能、平喘、镇咳等作用有关。

石菖蒲治阴血亏虚,心肾失调,神志不安者:精神恍惚,惊悸怔仲,夜寐多梦,健忘盗汗,舌红少苔,脉细而数。柏子仁12g,枸杞子9g,麦门冬5g,当归5g,石菖蒲5g,茯神5g,玄参6g,熟地黄6g,甘草6g.蜜丸,每服四、五十丸。柏子养心丸(《体仁汇编》)

对呼吸系统的作用

石菖蒲中所含的α-细辛醚有平喘作用，能对抗组胺引起的支气管收缩， 并有镇咳作用。临床上对支气管哮喘患者的肺通气功能有改善作用。

对消化系统的作用

内服能促进消化液的分泌及制止胃肠异常发酵，并有弛缓肠管平滑肌痉挛的作用：菖蒲挥发油1：500000,对豚鼠离体回肠能减弱乙酰胆碱对肠管的兴奋作用，浓度加大作用更显着，α-细辛醚1：25000、1：19000、1：25000，β-细辛醚1：3000、1：12000、1：12000、1：6000分别能阻断10（-4）mol/L乙酰胆碱、5-羟色胺、组胺对离体豚鼠气管的收缩作用。

对泌尿系统的作用

石菖蒲治心肾两虚的尿频或滑精证:桑螵蛸9g,远志6g,菖蒲6g,龙骨15g,人参9g,茯神12g,当归9g,龟甲15g。以上为末,夜卧人参汤调下2钱。方中石菖蒲宣窍宁心,为佐药。桑螵蛸散(《本草衍义》)

抗真菌作用

菖蒲水浸剂（1：3）， 在试管内对堇色毛癣菌、同心性毛癣菌、许兰黄癣菌、奥杜盎小芽胞癣菌、铁锈色小芽胞癣菌、羊毛状小芽胞癣菌、腹股沟表批癣菌、红色表皮癣菌、考夫曼-沃尔夫表皮癣菌、星形奴卡菌等皮肤真菌均有不同程度的抑制作用。

石菖蒲治阴汗湿痒:石菖蒲、蛇床子等分,为末。日搽二三次。(《济急仙方》)

降温作用

α-细辛醚0.5mg/kg和3mg/kg腹腔注射，能分别降低小鼠体温1.8℃和3.5℃，并能翻转麦角酸二乙胺的升温为降温，平均降低1.3℃。亦有报道，细辛醚无降温作用，亦不能对抗麦角酸二乙胺的升温作用。

抗肿瘤作用

石菖蒲挥发油0.042、0.085ml/kg灌胃，连续7天，对小鼠肝瘤有抑制作用。0.062ml/kg腹腔注射,0.085ml/kg灌胃,连续9天,对小鼠肉瘤-180有抑制作用。石菖蒲20%煎剂能在体外全部杀死小鼠腹水癌细胞。