男性服用了如呋喃类药物，它可增加精子畸形率，此外，部分抗癌药及免疫抑制剂等均可影响精子发育。
过敏反应、精神性应激反应等，长期抑郁、紧张等，会导致内分泌紊乱，从而导致精子发育异常。体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。有实验证实，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到患者曲细精管内精子的天生过程，导致精子畸形率升高。
泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液的中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。
各种病原体感染会影响睾丸生精功能，导致精子畸形。生殖道和生殖腺的病原微生物感染均可造成精子畸形率高，特别是UU和CT感染，在男性生殖系统这两种病原微生物感染尿道、前列腺和附睾较为多见。
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