利巴韦林最主要的毒性是溶血性贫血，患者在口服治疗后最初1～2周内可能会出现血红蛋白下降，其中约10%病人可能伴随心肺方面副作用。
所以说，使用利巴韦林的患者治疗前后及治疗中应频繁监测血红蛋白。
大量动物实验表明利巴韦林有明显的致畸性和致癌性，已经发现的畸形有颅、腭、眼、四肢、颌、骨骼及胃肠道畸形，其发生率和严重程度随剂量的增加而增加，胎儿和子代的存活率降低。
世界卫生组织有一项长达19年的药物不良反应监测报告显示，由于使用利巴韦林引起的机体不良反应的6649例报告中，有52例是肿瘤，有96例是胎儿异常。
因此备孕和妊娠期禁用利巴韦林。
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