原料不同

龟甲胶为龟甲经煎煮、浓缩制成的固体胶。为长方形或方形的扁块，深褐色。质硬而脆，断面光亮，对光照视时呈透明状，气微腥，味淡。

阿胶是以驴皮为主要原料，放阿井之水而制成(不放阿井水熬煮的胶为驴皮胶、驴胶)。阿胶原产山东省古东阿县(今天的阳谷县阿城镇古阿井)，佳者带琥珀色，透明，无臭味。亦称驴皮胶。

功效不同

龟甲胶，入肾,心经，甘咸微寒，是阴中至阴的药物，兼龟性有神，能入心以通肾，为补肾阴的第一要药。

阿胶味甘、性平,入肺、肝、肾经,有滋阴补血、润燥止血、安胎的作用，主治血虚诸证，出血证，肺阴虚燥咳，热病伤阴，心烦失眠，阴虚风动，手足瘈疭。

适应症不同

龟甲胶适用于阴虚伴血虚者

对肾阴虚引起的五心烦热、骨蒸潮热、盗汗、虚火上炎、月经量大等症疗效较好。

对肝阳上亢所致的头痛、头晕、面红耳赤、高血压等症疗效较好。

对肾精血不足所致的须发早白、筋骨痿软、早衰、面色无华、头晕等症疗效较好。

阿胶适用于血虚伴阴虚者

对因血虚所引起的头晕目眩、面色萎黄或苍白、疲乏无力、视物昏花、月经量少、经期延后、抵抗力差等症疗效较好。

对肺阴虚所引起的干咳少痰、夹带血丝、气喘、口鼻干燥、自汗等症。对心阴虚所引起的心悸烦躁、失眠多梦、健忘、注意力不集中等症有较好疗效。

对失血性疾病如崩漏、月经过多、长期慢性失血、外伤出血、肺结核反复咳血可发挥其止血补血作用，尤为适合。