有一些生理情况也会导致碱性磷酸酶偏低，比如儿童骨骼发育期、孕妇，这些情况下骨组织中的碱性磷酸酶很活跃，所以检测时值会偏高。
由于骨组织中碱性磷酸酶也很活跃，因此有骨骼疾病的患者会出现碱性磷酸酶偏高。例如骨折愈合期、佝偻病、骨质疏松、软骨病、骨恶性肿瘤等。
由于肝脏细胞中碱性磷酸酶最多，因此如果肝胆出现问题，就会导致碱性磷酸酶偏高。当人体患有阻塞性黄疸、原发性肝癌、继发性肝癌、胆汁淤积性肝炎等时，肝细胞过度制造碱性磷酸酶，经淋巴道和肝窦进入血液，同时由于胆汁排泄障碍，反流入血，引起血清中的碱性磷酸酶偏高。
临床患者采用抗生素(红霉素、氯霉素、庆大霉素、卡那霉素、氨苄青霉素等)、巴比妥类药物进行治疗时，会导致碱性磷酸酶偏高。像这种药物导致的碱性磷酸酶偏高，一般不需要进行特殊的治疗，停药后即恢复正常。
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